Klub powstał w 1972 roku jako Międzyzakładowy Klub Sportowy Nysa Zgorzelec. W latach 1972 – 1989 drużyna piłkarska grała w klasie A. W kolejnych latach „Nysa” awansowała do klasy okręgowej, a w sezonie 1993/1994 do klasy międzyokręgowej, później nazwanej IV ligą. Największym sukcesem sportowym jest awans drużyny piłkarskiej Miejskiego Klubu Sportowego Nysa Zgorzelec do III ligi. Sukces ten został odniesiony dokładnie w 30 rocznicę powstania klubu – w roku 2002. Historię „Nysy Zgorzelec” tworzą tacy ludzie jak: Edward Sikora, Jan Panfil, Stanisław Różyński, Józef Krasowski, Erwin Koronowski, Marek Salachna, Stanisław Pakuła i inni, którym dobro „Nysy” leży na sercu. Miejski Klub Sportowy to nie tylko piłka nożna. W klubie istniały i odnosiły większe lub mniejsze sukcesy także sekcje: Piłki nożnej Szachów Brydża sportowego Rekreacyjna Obecnie I drużyna seniorów „Nysy” Zgorzelec występuje w rozgrywkach ligi okręgowej, lecz przez wiele sezonów Nysa grała w IV lidze. Po jednorocznej przygodzie z III ligą wszyscy marzą o jak najszybszym powrocie do tej klasy rozgrywkowej. Dążąc do realizacji tego marzenia do drużyny wprowadzani są młodzi, zdolni zawodnicy z drużyn młodzieżowych, którzy w przyszłości będą w stanie na stałe wprowadzić zgorzelecki klub do grona III – ligowców. Skład stanowią zawodnicy ze Zgorzelca i okolic. W znacznej części są to zawodnicy od dawna związani z „Nysą Zgorzelec”. Ważną częścią polityki klubu jest szkolenie młodzieży. W „Nysie Zgorzelec” jest 5 grup młodzieżowych, z którymi pracują wykształceni trenerzy – często byli zawodnicy naszego klubu. Poza celem jakim jest wyszkolenie w przyszłości zawodników I drużyny, ważne jest zorganizowanie czasu młodym ludziom i wychowywanie ich przez sport.
Najwieksze sukcesy:
1999/2000 – 15 września 1999r. 3 runda Pucharu Polski (1/32 Pucharu Polski) Nysa Zgorzelec – Śląsk Wrocław 2:6
2001/2002 – IV liga – Awans do III ligi z 1 miejsca
2002/2003 – III liga grupa: 3 (Lubuskie, Dolny Śląsk, Opolskie, Śląsk)
2005/2006 – 9 sierpnia 2005r. Puchar Polski (1/32 Pucharu Polski) Nysa Zgorzelec – Zagłębie Sosnowiec 1:3